חמאס משתמש בבית החולים אל שיפא כבסיס טרור משנת 2007 לאחר שהשתלט על רצועת עזה. עובדה ידועה זו הוכחה מספר פעמים, הן על ידי מידע צבאי ישראלי, צבאות מערביים ואחרים, וסוכנויות מודיעין, כולל צבא ארצות הברית, ומקורות עצמאיים רבים אחרים, אישרו זאת גם כן. 

• חמאס השתלט על בית החולים תחילה לאחר ההפיכה ב-2007, שבה פיטר את כל הרופאים בעלי קשר לפת"ח ואיים לרצוח רופאים שישובו. במהלך הלחימה ב-2007 בין חמאס לפתח, נראו לוחמי חמאס בבית החולים הורגים את יריביהם. 

• אמנסטי אינטרנשיונל, ארגון לא ממשלתי שידוע בהטיה נגד ישראל, דיווח כי חמאס השתמש בבית החולים במהלך המלחמה בין ישראל לחמאס ב-2014 כמרכז לעינויים, חקירה והוצאות להורג של יריבים פוליטיים. 

• בשנת 2006, PBS שידר סרט תיעודי תחת השם "עזה E.R." כחלק מתוכנית "זווית רחבה". ניתן לראות לוחמי חמאס בחלקים מהתוכנית מסתובבים בבית החולים ושולטים בו. במסגרת התוכנית סיפר רופא אנונימי כי פעילי חמאס מסתתרים במרתף בית החולים. 

• במהלך חקירות של מספר רב של מחבלים שנתפסו בטבח ב-7 באוקטובר, הם תיארו כיצד חמאס הפך את בית החולים לבסיס הפעולה שלו מתוך ידיעה שהישראלים לא יפציצו אותו. עדויותיהם כללו:

"הצוות הרפואי היה מתוסכל כי פעילי חמאס ופעילים של ארגוני טרור אחרים היו בבית החולים. ראיתי הרבה מהם... זה הגיע ל-100 אנשים. הם (חמאס) התלבשו לצוות סיעודי". "בזמן שפעילי חמאס שהו במתחם, הם המשיכו לפעול. למשל, מה שראיתי זה איך הם עטפו רקטות עם מזרונים".

מחבל חמאס מודה כי הארגון משתמש באל שיפא כמתקן צבאי

• יש עוד עדויות על השימוש בבית החולים כבסיס טרור כמו הדיווח של רופא בריטי שסיפר שיש אזורים בבית החולים שנאסר עליו להיכנס אליהם תחת איומי ירי.

•  אויבו של חמאס, פת"ח, ששלט במשרד הבריאות הפלסטיני גם לאחר השתלטות חמאס על הרצועה, האשים את חמאס בכך שהפך את שיפא ובתי חולים אחרים לכלא. 

• הוושינגטון פוסט דיווח במהלך המלחמה ב-2014 כי אל שיפא הפך ל"מפקדה דה פקטו של מנהיגי חמאס, אותם ניתן לראות במסדרונות ובמשרדים". כמו כן, ה"גרדיאן" דיווח על סיפור דומה כאשר העיתונאים שלהם נתקלו באנשי חמאס. כתבת פינית במהלך אותה מלחמה דיווחה כי רקטות נורו ממתחם בית החולים.

•  הטענות העיקריות שאין אנשי חמאס בבית החולים מגיעות מ-2 רופאים נורבגים שמשרתים בבית החולים, אריק פוסה ומאדס גילברט. שני הרופאים חברים במפלגה האדומה הנורווגית, מפלגת שמאל קומוניסטית רדיקלית מאואיסטית.

• 
  

לסיכום, גם אם לא מאמינים לישראל לגבי השימוש בבית החולים שיפא כבסיס טרור, אי אפשר להתעלם מאינספור הדיווחים ממספר מקורות כולל פלסטינים על אחיזתו של חמאס בבית החולים. צה"ל פרסם מספר סרטונים מהפשיטה המצומצמת האחרונה בבית החולים, בהם נראות מנהרת טרור בעומק של עד 10 מטרים מתחת לאדמה עם דלת מתכת גדולה. יתרה מכך, בפשיטה זו מצא צה"ל ערימות של אמצעי לחימה ותחמושת בבית החולים ממש ליד מכשירי MRI ובתוך מחלקות בית החולים. הטענות שישראל לא סיפקה מספיק ראיות על מפקדת חמאס תחת אל שיפא נועדה אפוא ללחוץ על ישראל לשחרר את נכסי המודיעין שלה, כמו גם להמשיך במגמת הפקפוק בטענות על זכותה של ישראל להגנה עצמית, בדומה לספקות בנושא רצח 40 תינוקות ישראלים או עצם הטבח ב-7 באוקטובר.

טענותיו של ראש הממשלה לשעבר אהוד ברק

 ראש ממשלת ישראל לשעבר אהוד ברק טען בראיון לכריסטיאן אמנפור מרשת CNN כי ישראל בנתה את הבונקרים מתחת לשיפא בהתייחסו לחללים גדולים יותר בתחתית הבניין. ציטוט זה הוצא מהקשרו על ידי התקשורת הערבית כדי ליצור את הרושם שישראל בנתה את החלל שבו השתמש חמאס לפעילותו הטרוריסטית במקום הכוונה המקורית של הרחבת חלל על מנת  ליצור יותר מקום לחולים. זה גם אמור  לטהר את שמו של חמאס ע"י הצדקת קיומן של מנהרות הטרור שנבנו מתחת לבית החולים. 

למעשה, ברק היה ברור - ישראל שיפצה את מבנה אל שיפא במהלך שנות ה-80, "לפני למעלה מ-4 עשורים", על פי אותם מודלים אדריכליים של בתי חולים רבים אחרים בישראל, כמו בילינסון, סורוקה וסורסקי. החברה הלאומית לדרכים של ישראל (מע"צ), בעלת ניסיון עשיר בהקמת בתי חולים ממלכתיים בישראל, שכרה את האדריכלים הישראלים גרשון צפור ובנימין אדלסון לתכנון בית החולים הישן שהוקם בתקופת המנדט הבריטי. פרויקט הבנייה של ישראל כלל את הרחבת בית החולים בעל 320 מיטות ל-900 מיטות על מנת שישרת את כל רצועת עזה, ולא רק את העיר עזה. כמו כן, ישראל חנכה את הבניין המרכזי בן 6 הקומות שכלל חדר מיון, יחידת טיפול נמרץ, שבעה חדרי רנטגן, חמישה חדרי ניתוח ומקלט בקומה התת-קרקעית. 

אין בכך כדי להסיק כי המקלט, האופייני לכל בניין ממשלתי בישראל ורבים מבנייני המגורים של ישראל, שימש אך ורק את חמאס, ובכך הפך את ישראל ל"אדריכלית" המחבוא של אויביה. חמאס הרחיב משמעותית את המתחם, בנה רשת מנהרות תת-קרקעית ברחבי רצועת עזה, העמיק את המתחם התת-קרקעי לאחסון נשק, בנה אולמות תת קרקעים שלמים, חפר מנהרות רחבות מספיק כדי לאפשר מעבר של משאיות תחמושת ומפקדה מבצעית. קומת מרתף סטנדרטית, אם כן, אינה דומה לרשת טרור עצומה של מנהרות תת-קרקעיות.